1.专用发票的使用权不同。增值税专用发票是增值税一般纳税人销售货物或者提供应税劳务开具的发票，一般纳税人应通过增值税防伪税控系统使用专用发票。增值税小规模纳税人需要开具专用发票的，可向主管税务机关申请代开。
2.税款抵扣的方式不同。一般纳税人可以凭专用发票等扣税凭证进行进项税额的抵扣，小规模纳税人由于其征收率已统一考虑了扣税的因素，因此，不再拥有凭专用发票扣税的权利。
3.应纳税额的计算方法不同。一般纳税人采用由当期销项税额抵减当期进项税额的方法计算应缴税款，即应纳税额=当期销项税额-当期进项税额，而小规模纳税人实行简易办法计算应纳税款，即按照销售额和规定的征收率计算应纳税额，计算公式为：应纳税额=销售额×征收率。但符合一般纳税人条件如果不申请办理一般纳税人认定手续的和会计核算不健全，或者未能提供准确税务资料的一般纳税人，应按销售额依照增值税税率计算应纳税款，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票，即应纳税额=销售额×增值税税率。
4.含税的销售额换算公式不同。一般纳税人的含税销售额换算成不含税销售额，其换算公式为：销售额=含税销售额÷（1+税率17%或13%）。小规模纳税人的含税销售额换算为不含税销售额，换算公式为：销售额=含税销售额÷（1+征收率3%）。
