公司设立协议又称发起人协议，是在公司设立过程中，自发起人订立的关于公司设立事项的协议。公司设立协议与公司章程之间存在着密切联系，主要原因在于：两者的目标一致，内容也有许多相同之处。
订立公司设立协议和的共同目标就是设立公司，基于这——共同目标，章程的内容和设立协议的内容有许多相同之处;例如，公司名称、注册资本、经营范围、股东构成、出资形式等事项，不仅是公司章程的绝对必要记载事项，而且也是设立协议的主要内容;有的设立协议不仅通过约定上述内容调整协议各方在设立过程中的权利义务、协调各发起人的设立行为，甚至还约定未来公司的组织机构、股份转让、增资、减资、合并、分立、终止等事项。
而且，在实务中，在有设立协议的场合，往往是以设立协议为基础制定公司章程，设立协议的基本内容通常都为公司章程所吸收。
公司章程与公司设立协议尽管目标一致，关系密切，但是两者毕竟在性质和功能等方面不同，并表现出以下几个方面差异：
1、两者的法律性质不同
公司章程是公司的自治规则，是任何公司成立的法定要件，不可缺少，否则公司无法正常成立和运作。而设立协议只是当事人关于公司设立事项的契约，并不是公司成立所必备文件和要件。对于通俗的有限责任公司，公司设立协议只是任意性文件。在我国只是对股份有限公司和采取有限责任公司形态的外商投资企业，才将设立协议规定为设立环节必备的法律文件。
2、两者的形式要求不同
设立协议一般是不正式法律文件，作为当事人之间的合同，主要根据当事人的意思表示形成，其内容更多地体现了当事人的意志和要求，就设立协议而言，体现了公司发起人在公司设立过程中的有关权利和义务安排的意思表示，需要遵守合同法的一般规则，并不需要工商行政机关的登记;而公司章程则是正式法律文件，公司法对章程的记载事项有明确规定，反映和体现公司法对公司内外关系的强制性要求，需要国家工商行政管理机关的登记满足公示的要求。
3、两者的法律效力不同
公司设立协议的公司章程的效力也不同。从效力的范围来看，由合同或协议的相对性决定，设立协议既由全体发起人订立，反映了各发起人的意思表示，调整的是发起人之间的权利义务关系，因而只在发起人之间具有法律约束力;而公司章程调整的则是所有股东之间、股东与公司之间、公司的管理机构与公司之间的法律关系，其中股东包括制定章程时的原始股东和章程生效后加入公司的新股东，都受章程的约束。从效力的期间来看，设立协议调整的是公司设立过程的法律关系，因而它的效力期间是从设立行为开始到设立过程终止，公司的成立即意味着设立协议因履行终止;而公司章程的效力则及于公司成立后及其存续期间，直至公司因注销而终止。
