企业登记代理机构的快速发展，在方便，促进经济发展的同时，也使企业登记代理机构在利益驱使下，出现触犯法律法规的行为。如进行违法鉴证、代理;出具虚假验资报告、审计报告;非法从事企业登记代理业务;非法垫资等。
究其原因是多方面的：一是市场经济条件下供需关系的作用。企业出于各自目的，在或变更登记时，由于缺乏相应资金，需要“他山之石”，而一些企业登记代理机构受利益驱动，便“投其所好”。二是法律法规体系不健全。目前，我国还没有制定出统一规范的针对企业登记代理机构违法行为的法律、法规，导致对其监管存在空白和盲区。三是行业潜规则泛滥。随着竞争的白热化，一些企业登记代理机构，进行违法违规操作，为企业提供垫资验资，已逐渐演变成为整个行业秘而不宣的“潜规则”。
工商行政管理部门作为企业监督管理部门，对规范企业的出资行为，保护企业、股东和债权人的合法权益，维护社会和谐稳定有着不可推卸的责任。要严格企业登记代理机构的市场准入，加强对企业登记代理机构代理和执业行为的监管，加强行业自律，实现对企业登记代理行为和企业出资行为的长效规范监管。
一是建立严进严管、依法处理的制度，加强对企业登记代理机构的监管力度。工商行政管理部门应当严把企业登记代理机构准入关，及时清理违规、违法企业登记代理机构。通过年检和专项检查等形式，主动加强监管，及时查处违反登记管理规定的虚假出资、虚报注册资本、抽逃出资，虚假登记材料等行为，对故意提供虚假信息、资料，出具虚假验资报告、评估报告、证明文件及其他文件等违法行为，依法强制其退出市场。
二是建立企业登记代理举报、投诉和受理、查处制度，规范企业登记代理机构执业行为。行业主管部门对企业登记代理机构的日常营运状况，特别是执业质量进行管理，对企业登记代理机构出具的执业报告进行监督，并依法对违规违法的中介企业登记代理机构及执业人员实施行政处罚，杜绝违规执业现象的发生。
三是建立企业登记代理机构管理联席会议制度。行业主管部门负责对企业登记代理机构的违规、违法行为予以通报，并将通报内容抄报相关部门，依照法律、法规直接吊销或建议执业资质管理机关吊销执业资格及相关证照。如涉嫌犯罪的，要及时移送司法机关追究刑事责任。
四是建立行业自律制度，发挥行业自律作用。政府及相关部门要支持、鼓励并引导中介代理服务业成立行业协会，建立完善行业自律运行机制，通过加强职业道德教育、统一规范操作程序、建立行业内部奖惩制度等办法，以行业自律促依法经营。督促企业登记代理机构严格执行法定程序和要求，确保评估、验资和审计报告的真实可靠性。
五是实行企业登记代理机构信用等级管理制度。建立企业登记代理机构诚信记录动态发布制度，按行业或业务分类对不守信用和影响诚信的企业登记代理机构采取“黑名单”制度，将其不良行径向社会及时公布，作为政府相关部门、企事业单位、公民个人选择企业登记代理服务对象的参考依据。通过监管部门对企业登记代理机构平时的监督管理信息、处罚信息和社会群众举报信息整合成为信用信息，做到激励守信企业、预警警示企业、惩戒失信企业、淘汰严重失信企业，并通过报刊、媒体和互联网等进行公示，进而提高监管的效率，促进其守法经营、规范经营。
